本发明提供一种惯性辅助的多频多模GNSS周跳修复方法及系统，包括对所有卫星进行周跳探测，判断存在周跳的卫星，在确定周跳参数后，形成各系统各频率上伪距与相位的非差非组合历元间差分观测方程，只引入一个钟差变化量参数；根据电离层活跃程度采用滑动窗口内不同阶次的拟合函数对时变电离层进行建模和预报；进行惯性辅助周跳解算，对周跳修复方程的验后残差进行检验；采用三步法进行周跳值固定，并进周跳修复，最终修复相位观测值。本发明可以在动态复杂环境下，准确的修复GNSS不同系统不同频率上的周跳值，为后续定位解算处理提供干净无污染的观测数据。